MAS-A100のキャリブレーションを行う際、部屋に設置しているマイクとスピーカーを全てつけて行うのでしょうか？

基本的に同一室内にある全てのマイク、スピーカーは電源が入っている状態でキャリブレーションを行ってください。
MAS-A100のキャリブレーションではテストシグナルを出して調整を行うため、スピーカーなどをつけた状態で行わないと正しくキャリブレーションができません。
詳細については、取扱説明書をご覧ください。